Le CFGCT est une direction de l’ENA, ses organes sont : Le  Comité de Gestion et une équipe administrative.           

Comité de Gestion : Un Comité de Gestion composé des représentants de l’Etat, du chef de file des PTF- Décentralisation, des PTF avec lesquels le centre a signé une convention, l’Association des Municipalités du Niger (AMN) et l’Association des Régions du Niger (ARENI). Ce comité approuve les programmes, les rapports d’activités annuels et le budget du centre ; 

Une équipe administrative : Une équipe administrative et des services spécialisés pilotés par un Directeur qui coordonne la mise en œuvre des activités.